[Pw_forum] problem in parallel running

Huiqun Zhou hqzhou at nju.edu.cn
Mon Aug 24 11:35:57 CEST 2009


Sharma,

Let me try to put it clearer. Paolo means that the compute nodes involved 
in the computation must be able to "see" the folder /home/devsharma/pseudo,
meaning the pseudo folder must be located on a NFS, which is shared
by the head node, the one you submitted your job, and compute nodes,
on which your job is executed.

If your job was submitted to the head node itself, that will be very strange. 
You need to let us know your cluster environment.

Huiqun Zhou
@Nanjing University, China  
  ----- Original Message ----- 
  From: dev sharma 
  To: PWSCF Forum 
  Sent: Monday, August 24, 2009 5:10 PM
  Subject: Re: [Pw_forum] problem in parallel running


  Dear Sir,
   I am sending all the terminal commands to you. Please guide me.,

  [devsharma at headnode ~]$ ls
  espresso-4.0.2  pseudo  tmp  work
  [devsharma at headnode ~]$ cd pseudo/
  [devsharma at headnode pseudo]$ ls

  0710.pdf                        Cr.pw91-sp-van.info     Li.pz-n-vbc.UPF                Pt.pw91-n-van.info
  Ag.pbe-d-rrkjus.info            Cr.pw91-sp-van.UPF      Li.pz-s-mt.UPF                 Pt.pw91-n-van.UPF
  Ag.pbe-d-rrkjus.UPF             Cs.pbe-mt_bw.info       Li.pz-s-van_ak.info            Pt.pz-nd-rrkjus.UPF
  Ag.pz-d-rrkjus.UPF              Cs.pbe-mt_bw.UPF        Li.pz-s-van_ak.UPF             Pt.pz-rrkjus.UPF
  Al.blyp-n-van_ak.info           C.tpss-mt.UPF           Mg.pw91-np-van.info            Pt.rel-pz-n-rrkjus.UPF
  Al.blyp-n-van_ak.UPF            Cu.blyp-n-van_ak.info   Mg.pw91-np-van.UPF             Re.pw91-n-van.info
  Al.bp-n-van_ak.info             Cu.blyp-n-van_ak.UPF    Mg.pz-bhs.UPF                  Re.pw91-n-van.UPF
  Al.bp-n-van_ak.UPF              Cu.pbe-d-rrkjus.info    Mg.pz-n-vbc.info               Rh.pbe-nd-rrkjus.UPF
  Al.pbe-n-van.info               Cu.pbe-d-rrkjus.UPF     Mg.pz-n-vbc.UPF                Rh.pbe-rrkjus.UPF
  Al.pbe-n-van.UPF                Cu.pbe-n-van_ak.info    Mn.pbe-sp-van.info             Rh.pz-rrkjus.UPF
  Al.pbe-rrkj.UPF                 Cu.pbe-n-van_ak.UPF     Mn.pbe-sp-van.UPF              Ru.pbe-n-van.info
  Al.pw91-n-van.info              Cu.pw91-n-van_ak.info   Mo.pw91-n-van.info             Ru.pbe-n-van.UPF
  Al.pw91-n-van.UPF               Cu.pw91-n-van_ak.UPF    Mo.pw91-n-van.UPF              Ru.pw91-n-van.info
  Al.pz-vbc.UPF                   Cu.pz-d-rrkjus.UPF      Na.blyp-sp-van_ak.info         Ru.pw91-n-van.UPF
  Ar.pz-rrkj.info                 Cu.pz-n-van_ak.info     Na.blyp-sp-van_ak.UPF          S.blyp-mt.info
  Ar.pz-rrkj.UPF                  Cu.pz-n-van_ak.UPF      Na.bp-sp-van_ak.info           S.blyp-mt.UPF
  As.pbe-n-van.info               Fe.blyp-sp-van_ak.info  Na.bp-sp-van_ak.UPF            S.blyp-van_ak.info
  As.pbe-n-van.UPF                Fe.blyp-sp-van_ak.UPF   Na.pbe-n-mt_bw.info            S.blyp-van_ak.UPF
  As.pw91-n-van.info              Fe.blyp-sp-van.info     Na.pbe-n-mt_bw.UPF             S.bp-van_ak.info
  As.pw91-n-van.UPF               Fe.blyp-sp-van.UPF      Na.pbe-n-van.UPF               S.bp-van_ak.UPF
  As.pz-bhs.info                  Fe.bp-sp-van_ak.info    Na.pbe-sp-van_ak.info          Sb.pw91-n-van.info
  As.pz-bhs.UPF                   Fe.bp-sp-van_ak.UPF     Na.pbe-sp-van_ak.UPF           Sb.pw91-n-van.UPF
  Au.blyp-van_ak.info             Fe.pbe-nd-rrkjus.UPF    Na.pw91-n-mt.UPF               Sb.pz-bhs.info
  Au.blyp-van_ak.UPF              Fe.pbe-sp-van_ak.info   Na.pw91-n-van.UPF              Sb.pz-bhs.UPF
  Au.bp-van_ak.info               Fe.pbe-sp-van_ak.UPF    Na.pw91-sp-van_ak.info         Sc.pbe-nsp-van.info
  Au.bp-van_ak.UPF                Fe.pbe-sp-van.info      Na.pw91-sp-van_ak.UPF          Sc.pbe-nsp-van.UPF
  Au.pbe-nd-rrkjus.UPF            Fe.pbe-sp-van_mit.info  Na.pz-n-vbc.info               Sc.pw91-nsp-van.info
  Au.pbe-nd-van.info              Fe.pbe-sp-van_mit.UPF   Na.pz-n-vbc.UPF                Sc.pw91-nsp-van.UPF
  Au.pbe-nd-van.UPF               Fe.pbe-sp-van.UPF       Na.pz-sp-van_ak.info           Se.pbe-van.info
  Au.pbe-van_ak.info              Fe.pw91-sp-van_ak.info  Na.pz-sp-van_ak.UPF            Se.pbe-van.UPF
  Au.pbe-van_ak.UPF               Fe.pw91-sp-van_ak.UPF   Nb.elastic_constant_tests.pdf  Se.pz-bhs.info
  Au.pw91-d-van.UPF               Fe.pz-nd-rrkjus.UPF     N.blyp-mt.info                 Se.pz-bhs.UPF
  Au.pw91-van_ak.info             Fe.pz-sp-van_ak.info    N.blyp-mt.UPF                  Si.pbe-n-van.info
  Au.pw91-van_ak.UPF              Fe.pz-sp-van_ak.UPF     N.blyp-van_ak.info             Si.pbe-n-van.UPF
  Au.pz-d-rrkjus.UPF              filename.upf            N.blyp-van_ak.UPF              Si.pbe-rrkj.UPF
  Au.pz-d-van.UPF                 F.pbe-n-van.info        Nb.pbe-nsp-van.info            Si.pw91-n-van.info
  Au.pz-van_ak.info               F.pbe-n-van.UPF         Nb.pbe-nsp-van.UPF             Si.pw91-n-van.UPF
  Au.pz-van_ak.UPF                F.pw91-n-van.info       N.bp-van_ak.info               Si.pz-vbc.UPF
  Au.rel-pz-rrkjus.UPF            F.pw91-n-van.UPF        N.bp-van_ak.UPF                Si.tpss-mt.UPF
  Ba.pbe-nsp-van.info             Ga.pbe-nsp-van.info     Nb.pw91-nsp-van.info           Sn.pw91-n-van.info
  Ba.pbe-nsp-van.UPF              Ga.pbe-nsp-van.UPF      Nb.pw91-nsp-van.UPF            Sn.pw91-n-van.UPF
  Ba.pw91-nsp-van.info            Ga.pw91-nsp-van.info    Nb.pz-sp-van.info              Sn.pz-bhs.info
  Ba.pw91-nsp-van.UPF             Ga.pw91-nsp-van.UPF     Nb.pz-sp-van.UPF               Sn.pz-bhs.UPF
  B.blyp-n-van_ak.info            Ga.pz-bhs.info          Ni.pbe-nd-rrkjus.UPF           S.pbe-van_bm.info
  B.blyp-n-van_ak.UPF             Ga.pz-bhs.UPF           Ni.pz-nd-rrkjus.UPF            S.pbe-van_bm.UPF
  B.bp-n-van_ak.info              Ge.pw91-n-van.info      N.pbe-rrkjus.UPF               S.pw91-n-mt.info
  B.bp-n-van_ak.UPF               Ge.pw91-n-van.UPF       N.pbe-van_ak.info              S.pw91-n-mt.UPF
  Be.pz-n-vbc.info                Ge.pz-bhs.info          N.pbe-van_ak.UPF               S.pw91-van_ak.info
  Be.pz-n-vbc.UPF                 Ge.pz-bhs.UPF           N.pbe-van_bm.info              S.pw91-van_ak.UPF
  Be.star1s-pz-n-vbc.UPF          Ge.tpss-n-mt.UPF        N.pbe-van_bm.UPF               S.pz-bhs.info
  Bi.pbe-d-mt.info                H.blyp-van_ak.info      N.pw91-van_ak.info             S.pz-bhs.UPF
  Bi.pbe-d-mt.UPF                 H.blyp-van_ak.UPF       N.pw91-van_ak.UPF              S.pz-van_ak.info
  B.pbe-n-van_ak.info             H.blyp-vbc.info         N.pz-rrkjus.UPF                S.pz-van_ak.UPF
  B.pbe-n-van_ak.UPF              H.blyp-vbc.UPF          N.pz-van_ak.info               Sr.pbe-nsp-van.info
  B.pbe-n-van.info                H.bp-van_ak.info        N.pz-van_ak.UPF                Sr.pbe-nsp-van.UPF
  B.pbe-n-van.UPF                 H.bp-van_ak.UPF         N.pz-vbc.info                  Sr.pbe-sp-van.info
  B.pw91-n-van_ak.info            He.pbe-mt_fhi.UPF       N.pz-vbc.UPF                   Sr.pbe-sp-van.UPF
  B.pw91-n-van_ak.UPF             He.pz-mt_fhi.UPF        O.blyp-mt.info                 Sr.pw91-nsp-van.info
  B.pw91-n-van.info               H.pbe-rrkjus.UPF        O.blyp-mt.UPF                  Sr.pw91-nsp-van.UPF
  B.pw91-n-van.UPF                H.pbe-van_ak.info       O.blyp-van_ak.info             Ta.pbe-nsp-van.info
  B.pz-bhs.UPF                    H.pbe-van_ak.UPF        O.blyp-van_ak.UPF              Ta.pbe-nsp-van.UPF
  B.pz-vbc.UPF                    H.pbe-van_bm.info       O.bp-van_ak.info               Ta.pw91-nsp-van.info
  Br.pbe-van_mit.info             H.pbe-van_bm.UPF        O.bp-van_ak.UPF                Ta.pw91-nsp-van.UPF
  Br.pbe-van_mit.UPF              H.pbe-vbc.UPF           O.pbe-mt.UPF                   Te.pbe-rrkj.UPF
  Br.pw91-mt.info                 H.pw91-van_ak.info      O.pbe-rrkjus.UPF               Te.pz-bhs.info
  Br.pw91-mt.UPF                  H.pw91-van_ak.UPF       O.pbe-van_ak.info              Te.pz-bhs.UPF
  Br.pz-vbc.UPF                   H.pz-rrkjus.UPF         O.pbe-van_ak.UPF               Ti.blyp-sp-van_ak.info
  Ca.pbe-nsp-van.info             H.pz-van_ak.info        O.pbe-van_bm.info              Ti.blyp-sp-van_ak.UPF
  Ca.pbe-nsp-van.UPF              H.pz-van_ak.UPF         O.pbe-van_bm.UPF               Ti.bp-sp-van_ak.info
  Ca.pw91-nsp-van.info            H.pz-vbc.UPF            O.pw91-van_ak.info             Ti.bp-sp-van_ak.UPF
  Ca.pw91-nsp-van.UPF             H.tpss-mt.UPF           O.pw91-van_ak.UPF              Ti.pbe-sp-van_ak.info
  Ca.pz-n-vbc.UPF                 In.pbe-d-rrkjus.info    O.pz-mt.info                   Ti.pbe-sp-van_ak.UPF
  C.blyp-mt.info                  In.pbe-d-rrkjus.UPF     O.pz-mt.UPF                    Ti.pw91-nsp-van.info
  C.blyp-mt.UPF                   In.pz-bhs.info          O.pz-rrkjus.UPF                Ti.pw91-nsp-van.UPF
  C.blyp-van_ak.info              In.pz-bhs.UPF           O.pz-van_ak.info               Ti.pw91-sp-van_ak.info
  C.blyp-van_ak.UPF               In.pz-d-rrkjus.info     O.pz-van_ak.UPF                Ti.pw91-sp-van_ak.UPF
  C.bp-van_ak.info                In.pz-d-rrkjus.UPF      O.rel-pz-rrkjus.UPF            Ti.pz-sp-van_ak.info
  C.bp-van_ak.UPF                 In.pz-n-bhs.info        Os.pbe-n-van.info              Ti.pz-sp-van_ak.UPF
  Cd.pbe-n-van.info               In.pz-n-bhs.UPF         Os.pbe-n-van.UPF               Ti.pz-sp-van.info
  Cd.pbe-n-van.UPF                I.pbe-mt_bw.info        Os.pw91-n-van.info             Ti.pz-sp-van.UPF
  Cd.pw91-n-van.info              I.pbe-mt_bw.UPF         Os.pw91-n-van.UPF              Tl.pz-d-van.info
  Cd.pw91-n-van.UPF               Ir.pbe-n-rrkjus.info    O.tpss-mt.UPF                  Tl.pz-d-van.UPF
  Ce4_ps_f1d1-pbe-rc1.0.uspp.UPF  Ir.pbe-n-rrkjus.UPF     P.blyp-mt.info                 V.pbe-n-van.UPF
  Cl.blyp-mt.info                 Ir.pbe-n-van.UPF        P.blyp-mt.UPF                  V.pbe-sp-van.UPF
  Cl.blyp-mt.UPF                  Ir.pw91-n-van.UPF       P.blyp-van_ak.info             W.pbe-nsp-van.info
  Cl.pbe-n-van.info               K.blyp-mt.info          P.blyp-van_ak.UPF              W.pbe-nsp-van.UPF
  Cl.pbe-n-van.UPF                K.blyp-n-mt.UPF         Pb.pbe-d-van.info              W.pw91-nsp-van.info
  Cl.pw91-mt.info                 K.pz-n-vbc.info         Pb.pbe-d-van.UPF               W.pw91-nsp-van.UPF
  Cl.pw91-mt.UPF                  K.pz-n-vbc.UPF          P.bp-van_ak.info               W.pz-bhs.UPF
  Cl.pz-bhs.info                  K.pz-sp-van.info        P.bp-van_ak.UPF                Xe.pw91-n-van.info
  Cl.pz-bhs.UPF                   K.pz-sp-van.UPF         Pb.pz-bhs.UPF                  Xe.pw91-n-van.UPF
  Co.pbe-nd-rrkjus.UPF            Kr.pw91-n-van.info      Pb.pz-d-van.info               Y.pbe-nsp-van.info
  Co.pz-nd-rrkjus.UPF             Kr.pw91-n-van.UPF       Pb.pz-d-van.UPF                Y.pbe-nsp-van.UPF
  Co.rel-pz-n-rrkjus.UPF          La.pbe-nsp-van.info     Pd.pbe-nd-rrkjus.UPF           Y.pw91-nsp-van.info
  C.pbe-rrkjus.info               La.pbe-nsp-van.UPF      Pd.pbe-rrkjus.info             Y.pw91-nsp-van.UPF
  C.pbe-rrkjus-test-diamond.pdf   La.pw91-nsp-van.info    Pd.pbe-rrkjus.UPF              Zn.blyp-van_ak.info
  C.pbe-rrkjus-test-graphite.pdf  La.pw91-nsp-van.UPF     Pd.pz-nd-rrkjus.UPF            Zn.blyp-van_ak.UPF
  C.pbe-rrkjus.UPF                Li.blyp-s-mt.UPF        Pd.pz-rrkjus.UPF               Zn.bp-van_ak.info
  C.pbe-van_ak.info               Li.blyp-s-van_ak.info   P.pbe-n-van.info               Zn.bp-van_ak.UPF
  C.pbe-van_ak.UPF                Li.blyp-s-van_ak.UPF    P.pbe-n-van.UPF                Zn.pbe-van.info
  C.pbe-van_bm.info               Li.bp-s-mt.UPF          P.pbe-van_ak.info              Zn.pbe-van.UPF
  C.pbe-van_bm.UPF                Li.bp-s-van_ak.info     P.pbe-van_ak.UPF               Zn.pw91-n-van.info
  C.pw91-van_ak.info              Li.bp-s-van_ak.UPF      P.pw91-n-van.info              Zn.pw91-n-van.UPF
  C.pw91-van_ak.UPF               Li.pbe-n-van.info       P.pw91-n-van.UPF               Zn.pw91-van_ak.info
  C.pz-rrkjus.info                Li.pbe-n-van.UPF        P.pw91-van_ak.info             Zn.pw91-van_ak.UPF
  C.pz-rrkjus.UPF                 Li.pbe-s-mt.UPF         P.pw91-van_ak.UPF              Zn.pz-van_ak.info
  C.pz-van_ak.info                Li.pbe-s-van_ak.info    P.pz-bhs.info                  Zn.pz-van_ak.UPF
  C.pz-van_ak.UPF                 Li.pbe-s-van_ak.UPF     P.pz-bhs.UPF                   Zr.pbe-nsp-van.info
  C.pz-vbc.info                   Li.pw91-n-van.info      P.pz-van_ak.info               Zr.pbe-nsp-van.UPF
  C.pz-vbc.UPF                    Li.pw91-n-van.UPF       P.pz-van_ak.UPF                Zr.pw91-nsp-van.info
  C.rel-pz-rrkjus.UPF             Li.pw91-s-mt.UPF        Pt.pbe-nd-rrkjus.UPF           Zr.pw91-nsp-van.UPF
  Cr.pbe-sp-van.info              Li.pw91-s-van_ak.info   Pt.pbe-n-van.info              Zr.pw91-sp-rrkjus.info
  Cr.pbe-sp-van.UPF               Li.pw91-s-van_ak.UPF    Pt.pbe-n-van.UPF               Zr.pw91-sp-rrkjus.UPF
  [devsharma at headnode pseudo]$ vi Y.pbe-nsp-van.UPF 
  [devsharma at headnode pseudo]$ cd 
  [devsharma at headnode ~]$ cd work/yvo/
  [devsharma at headnode yvo]$ ls
  CRASH  scf.out  submit.sh  temp  yvo.inp
  [devsharma at headnode yvo]$ 



  On Mon, Aug 24, 2009 at 2:24 PM, Paolo Giannozzi <giannozz at democritos.it> wrote:

    dev sharma wrote:

    > Yes, /Y.pbe-nsp-van.UPF is present there in /home/devsharma/pseudo/.


    if the code says it isn't there, it isn't there. Remember that
    ALL processes must be able to access that file DURING PARALLEL
    EXECUTION

    P.
    --
    Paolo Giannozzi, Democritos and University of Udine, Italy

    _______________________________________________
    Pw_forum mailing list
    Pw_forum at pwscf.org
    http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum





------------------------------------------------------------------------------


  _______________________________________________
  Pw_forum mailing list
  Pw_forum at pwscf.org
  http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/attachments/20090824/e1a87ffa/attachment-0001.htm 


More information about the Pw_forum mailing list