<div><div>Dear all,</div><div>&nbsp;&nbsp;I want to do phonon calculation on an adsorption system with symmetry. So Idid some test calculations.</div><div>I did a test calculation on a system, say an molecule is adsorbed on a surface. I just want to calculate the vibrational frequencies of the molecule. &nbsp;I set "nat_todo" in the input file of ph.x, and set the list of indices of atoms of the molecule. But in the result file there is not phonons. &nbsp; I don't know what's wrong with it, and how to set &nbsp;parameter in the input file of ph.x. Please help me! Thank you!</div><div><br></div></div><div><b><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">This is the output that I have set "nat_todo" in the input file,from output file we can't find the phonon data at the end of file:</span></b></div><div><div>&nbsp;Representation # 12 mode # &nbsp;12</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; Self-consistent Calculation</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;iter # &nbsp; 1 total cpu time : &nbsp; &nbsp;77.3 secs &nbsp; av.it.: &nbsp; 4.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;thresh= 0.100E-01 alpha_mix = &nbsp;0.700 |ddv_scf|^2 = &nbsp;0.128E-07</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;iter # &nbsp; 2 total cpu time : &nbsp; &nbsp;78.3 secs &nbsp; av.it.: &nbsp; 9.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;thresh= 0.113E-04 alpha_mix = &nbsp;0.700 |ddv_scf|^2 = &nbsp;0.274E-08</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;iter # &nbsp; 3 total cpu time : &nbsp; &nbsp;79.5 secs &nbsp; av.it.: &nbsp; 9.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;thresh= 0.524E-05 alpha_mix = &nbsp;0.700 |ddv_scf|^2 = &nbsp;0.182E-10</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;iter # &nbsp; 4 total cpu time : &nbsp; &nbsp;80.6 secs &nbsp; av.it.: &nbsp; 9.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;thresh= 0.426E-06 alpha_mix = &nbsp;0.700 |ddv_scf|^2 = &nbsp;0.678E-11</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;iter # &nbsp; 5 total cpu time : &nbsp; &nbsp;81.6 secs &nbsp; av.it.: &nbsp; 8.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;thresh= 0.260E-06 alpha_mix = &nbsp;0.700 |ddv_scf|^2 = &nbsp;0.270E-13</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;iter # &nbsp; 6 total cpu time : &nbsp; &nbsp;82.7 secs &nbsp; av.it.: &nbsp; 9.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;thresh= 0.164E-07 alpha_mix = &nbsp;0.700 |ddv_scf|^2 = &nbsp;0.140E-14</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;iter # &nbsp; 7 total cpu time : &nbsp; &nbsp;83.7 secs &nbsp; av.it.: &nbsp; 8.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;thresh= 0.374E-08 alpha_mix = &nbsp;0.700 |ddv_scf|^2 = &nbsp;0.344E-16</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; End of self-consistent calculation</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; Convergence has been achieved&nbsp;</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; Stopping because representation &nbsp; &nbsp;3 is not done</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; PHONON &nbsp; &nbsp; &nbsp; : &nbsp;1m12.13s CPU time, &nbsp; &nbsp; 1m24.02s WALL time</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; INITIALIZATION:&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; phq_setup &nbsp; &nbsp;: &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.04s CPU &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.04s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; phq_init &nbsp; &nbsp; : &nbsp; &nbsp; &nbsp;4.69s CPU &nbsp; &nbsp; &nbsp;5.19s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; phq_init &nbsp; &nbsp; : &nbsp; &nbsp; &nbsp;4.69s CPU &nbsp; &nbsp; &nbsp;5.19s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; init_vloc &nbsp; &nbsp;: &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.02s CPU &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.02s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; init_us_1 &nbsp; &nbsp;: &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.15s CPU &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.17s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; newd &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; : &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.11s CPU &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.13s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; dvanqq &nbsp; &nbsp; &nbsp; : &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.90s CPU &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.11s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; drho &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; : &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.59s CPU &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.82s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; DYNAMICAL MATRIX:</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; dynmat0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;: &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.17s CPU &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.18s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div></div><div>…………………………</div><div><br></div><div><br></div><div><b><span class="Apple-style-span" style="font-size: large;">and below is the&nbsp;normal output that I have not set "nat_todo" in the inputfile,&nbsp;from which we can see the phonon data at the end of file:</span></b></div><div><div>&nbsp;Representation # 12 mode # &nbsp;12</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; Self-consistent Calculation</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;iter # &nbsp; 1 total cpu time : &nbsp;1155.5 secs &nbsp; av.it.: &nbsp; 5.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;thresh= 0.100E-01 alpha_mix = &nbsp;0.700 |ddv_scf|^2 = &nbsp;0.319E-07</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;iter # &nbsp; 2 total cpu time : &nbsp;1164.9 secs &nbsp; av.it.: &nbsp;12.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;thresh= 0.179E-04 alpha_mix = &nbsp;0.700 |ddv_scf|^2 = &nbsp;0.161E-08</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;iter # &nbsp; 3 total cpu time : &nbsp;1174.6 secs &nbsp; av.it.: &nbsp;12.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;thresh= 0.401E-05 alpha_mix = &nbsp;0.700 |ddv_scf|^2 = &nbsp;0.157E-09</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;iter # &nbsp; 4 total cpu time : &nbsp;1184.7 secs &nbsp; av.it.: &nbsp;13.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;thresh= 0.125E-05 alpha_mix = &nbsp;0.700 |ddv_scf|^2 = &nbsp;0.126E-10</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;iter # &nbsp; 5 total cpu time : &nbsp;1194.7 secs &nbsp; av.it.: &nbsp;13.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;thresh= 0.355E-06 alpha_mix = &nbsp;0.700 |ddv_scf|^2 = &nbsp;0.184E-11</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;iter # &nbsp; 6 total cpu time : &nbsp;1204.7 secs &nbsp; av.it.: &nbsp;13.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;thresh= 0.136E-06 alpha_mix = &nbsp;0.700 |ddv_scf|^2 = &nbsp;0.701E-12</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;iter # &nbsp; 7 total cpu time : &nbsp;1214.2 secs &nbsp; av.it.: &nbsp;12.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;thresh= 0.837E-07 alpha_mix = &nbsp;0.700 |ddv_scf|^2 = &nbsp;0.131E-12</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;iter # &nbsp; 8 total cpu time : &nbsp;1223.8 secs &nbsp; av.it.: &nbsp;12.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;thresh= 0.361E-07 alpha_mix = &nbsp;0.700 |ddv_scf|^2 = &nbsp;0.149E-15</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;iter # &nbsp; 9 total cpu time : &nbsp;1233.4 secs &nbsp; av.it.: &nbsp;13.0</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;thresh= 0.122E-08 alpha_mix = &nbsp;0.700 |ddv_scf|^2 = &nbsp;0.157E-16</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; End of self-consistent calculation</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; Convergence has been achieved&nbsp;</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; Number of q in the star = &nbsp; &nbsp;1</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; List of q in the star:</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; 0.000000000 &nbsp; 0.000000000 &nbsp; 0.000000000</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Dielectric constant in cartesian axis&nbsp;</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.031610391 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.000228657 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.003149580 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.000228341 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.027755025 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.000009279 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.003149520 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.000009203 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.019026580 )</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; Polarizability (a.u.)^3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Polarizability (A^3)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; 23.14 &nbsp; &nbsp; -0.17 &nbsp; &nbsp; -2.33 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.4285 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.0250 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.3452</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; -0.17 &nbsp; &nbsp; 20.34 &nbsp; &nbsp; -0.01 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.0251 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3.0141 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.0010</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; -2.33 &nbsp; &nbsp; -0.01 &nbsp; &nbsp; 13.98 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.3452 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.0010 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.0722</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Effective charges (d Force / dE) in cartesian axis</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; atom &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; C &nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Ex &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.02010 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.00463 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.20246 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Ey &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00824 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.87800 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.00178 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Ez &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.20024 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.00018 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.24077 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; atom &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; O &nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Ex &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.71604 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00033 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.12390 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Ey &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.00376 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.27604 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00052 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Ez &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.12315 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.00045 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.22813 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; atom &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; H &nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Ex &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.03234 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.13357 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.03345 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Ey &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.09805 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.18872 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.02571 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Ez &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.03330 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.03431 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.09234 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; atom &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; H &nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Ex &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.03402 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.13935 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.03451 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Ey &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.09420 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.17340 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.02427 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Ez &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.03316 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.03389 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.09281 )</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Effective charges (d P / du) in cartesian axis&nbsp;</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; atom &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; C &nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Px &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.78251 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00752 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.18968 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Py &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.00610 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.63820 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00003 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Pz &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.19199 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.00193 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.04292 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; atom &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; O &nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Px &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.71616 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.00367 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.12322 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Py &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00032 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.27610 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.00045 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Pz &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.12395 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00050 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.22806 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; atom &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; H &nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Px &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.03233 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.09805 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.03330 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Py &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.13358 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.18873 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.03431 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Pz &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.03349 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.02571 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.09233 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; atom &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; H &nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Px &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.03402 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.09420 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.03316 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Py &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.13936 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.17336 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.03389 )</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;Pz &nbsp;( &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.03455 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.02427 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.09280 )</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; Diagonalizing the dynamical matrix</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; q = ( &nbsp; &nbsp;0.000000000 &nbsp; 0.000000000 &nbsp; 0.000000000 )&nbsp;</div><div><br></div><div>&nbsp;**************************************************************************</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega( 1) = &nbsp; &nbsp; &nbsp;-4.939872 [THz] = &nbsp; &nbsp;-164.777486 [cm-1]</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega( 2) = &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.211017 [THz] = &nbsp; &nbsp; &nbsp;-7.038823 [cm-1]</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega( 3) = &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.078881 [THz] = &nbsp; &nbsp; &nbsp;-2.631210 [cm-1]</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega( 4) = &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.004765 [THz] = &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.158929 [cm-1]</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega( 5) = &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.572645 [THz] = &nbsp; &nbsp; 119.171410 [cm-1]</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega( 6) = &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4.364949 [THz] = &nbsp; &nbsp; 145.600002 [cm-1]</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega( 7) = &nbsp; &nbsp; &nbsp;33.896117 [THz] = &nbsp; &nbsp;1130.660267 [cm-1]</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega( 8) = &nbsp; &nbsp; &nbsp;35.856463 [THz] = &nbsp; &nbsp;1196.050798 [cm-1]</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega( 9) = &nbsp; &nbsp; &nbsp;43.444675 [THz] = &nbsp; &nbsp;1449.167993 [cm-1]</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega(10) = &nbsp; &nbsp; &nbsp;51.275820 [THz] = &nbsp; &nbsp;1710.388618 [cm-1]</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega(11) = &nbsp; &nbsp; &nbsp;84.045119 [THz] = &nbsp; &nbsp;2803.462049 [cm-1]</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega(12) = &nbsp; &nbsp; &nbsp;85.673216 [THz] = &nbsp; &nbsp;2857.769859 [cm-1]</div><div>&nbsp;**************************************************************************</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; Mode symmetry, C_1 (1) &nbsp; &nbsp; point group:</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega( &nbsp;7 - &nbsp;7) = &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1130.7 &nbsp;[cm-1] &nbsp; --&gt; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I+R</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega( &nbsp;8 - &nbsp;8) = &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1196.1 &nbsp;[cm-1] &nbsp; --&gt; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I+R</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega( &nbsp;9 - &nbsp;9) = &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1449.2 &nbsp;[cm-1] &nbsp; --&gt; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I+R</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega( 10 - 10) = &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1710.4 &nbsp;[cm-1] &nbsp; --&gt; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I+R</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega( 11 - 11) = &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2803.5 &nbsp;[cm-1] &nbsp; --&gt; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I+R</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; omega( 12 - 12) = &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2857.8 &nbsp;[cm-1] &nbsp; --&gt; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I+R</div><div><br></div><div>&nbsp;**************************************************************************</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; PHONON &nbsp; &nbsp; &nbsp; : 19m24.01s CPU time, &nbsp; &nbsp;20m34.88s WALL time</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; INITIALIZATION:&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; phq_setup &nbsp; &nbsp;: &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.36s CPU &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.39s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; phq_init &nbsp; &nbsp; : &nbsp; &nbsp; 95.50s CPU &nbsp; &nbsp; 97.48s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; phq_init &nbsp; &nbsp; : &nbsp; &nbsp; 95.50s CPU &nbsp; &nbsp; 97.48s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; init_vloc &nbsp; &nbsp;: &nbsp; &nbsp; 12.90s CPU &nbsp; &nbsp; 12.95s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; init_us_1 &nbsp; &nbsp;: &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.16s CPU &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.21s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; newd &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; : &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.21s CPU &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.45s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; dvanqq &nbsp; &nbsp; &nbsp; : &nbsp; &nbsp; 38.14s CPU &nbsp; &nbsp; 38.66s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; drho &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; : &nbsp; &nbsp; 28.73s CPU &nbsp; &nbsp; 30.10s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; cmpt_qdipol &nbsp;: &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00s CPU &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; DIELECTRIC CONSTANT AND EFFECTIVE CHARGES:</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; solve_e &nbsp; &nbsp; &nbsp;: &nbsp; &nbsp;269.98s CPU &nbsp; &nbsp;302.42s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; dielec &nbsp; &nbsp; &nbsp; : &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.01s CPU &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.05s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; zstar_eu &nbsp; &nbsp; : &nbsp; &nbsp; 13.30s CPU &nbsp; &nbsp; 16.84s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; DYNAMICAL MATRIX:</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; dynmat0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;: &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.56s CPU &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.57s WALL ( &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 calls)</div></div><div><br></div><div>The attachment is the output file of input that I have set "nat_todo=2", the molecule is HCHO, just for test.</div><div>Here is the input file:</div><div><div>vibrations of hcho</div><div>&nbsp;&amp;inputph</div><div>&nbsp;&nbsp;nat_todo=2,&nbsp;</div><div>&nbsp;tr2_ph=4.0d-17,</div><div>&nbsp;&nbsp;prefix='HCHO',</div><div>&nbsp;&nbsp;outdir='/home/jerry/tmp',</div><div>&nbsp;&nbsp;amass(1)=12.d0,</div><div>&nbsp;&nbsp;amass(2)=16.d0,</div><div>&nbsp;&nbsp;amass(3)=1.d0,</div><div>&nbsp;&nbsp;fildyn='hcho.dyn',</div><div>&nbsp;&nbsp;iverbosity=1,</div><div>&nbsp;trans=.true.,</div><div>&nbsp;&nbsp;nogg=.true.</div><div>/</div><div>0.0 0.0 0.0</div><div>1 3&nbsp;</div></div><div>But in the result file there is not any vibration modes data.</div><br><br><span title="neteasefooter"/><hr/>
<a href="http://ym.163.com/?from=od3" target="_blank">网易为中小企业免费提供企业邮箱（自主域名）</a>
</span>