In kernel table I change at line 172 <br>allocate(...) with if(.not. allocated) allocate<br><br>    if(.not.allocated(q_mesh)) allocate( q_mesh(Nqs) )<br>    if(.not.allocated(kernel)) allocate( kernel(0:Nr_points,Nqs,Nqs))<br>
    if(.not.allocated(d2phi_dk2)) allocate(d2phi_dk2(0:Nr_points,Nqs,Nqs) )<br><br>you can download the svn version of the routines or change it by hand.<br><br>(neb calls n_input_image times the read input routines of pwscf, so it
was trying to allocate an object that was already allocated).<br>
<br><br>bests<br><br>Layla<br><br><br><div class="gmail_quote">2011/4/18 Layla Martin-Samos <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:lmartinsamos@gmail.com">lmartinsamos@gmail.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear Giuseppe, the problem allocating the object is probably related to some &quot;unexistent&quot; deallocation. I&#39;ll take a look I give you a more precise answer.<br><br>bests<br><font color="#888888"><br>Layla</font><div>
<div></div><div class="h5"><br><br><div class="gmail_quote">
2011/4/16 Giuseppe Mattioli <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:giuseppe.mattioli@mlib.ism.cnr.it" target="_blank">giuseppe.mattioli@mlib.ism.cnr.it</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Dear all<br>
I&#39;m facing a strange problem when performing neb.x calculations with the<br>
input_dft=&#39;vdW-DF&#39; flag.<br>
I&#39;ve tried the very same calculation (same machine, same QE 4.3 version...)<br>
but for the vdW, e.g., in the case of cyclohexane isomerization (input files<br>
below). Everything is fine in the non-corrected case. On the contrary, this<br>
is the only standard output in the vdW case:<br>
<br>
      Program NEB v.4.3          starts on 16Apr2011 at 14:14: 6<br>
<br>
     This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite<br>
     for quantum simulation of materials; please cite<br>
         &quot;P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);<br>
          URL <a href="http://www.quantum-espresso.org" target="_blank">http://www.quantum-espresso.org</a>&quot;,<br>
     in publications or presentations arising from this work. More details at<br>
     <a href="http://www.quantum-espresso.org/wiki/index.php/Citing_Quantum-ESPRESSO" target="_blank">http://www.quantum-espresso.org/wiki/index.php/Citing_Quantum-ESPRESSO</a><br>
<br>
     Parallel version (MPI), running on     8 processors<br>
     R &amp; G space division:  proc/pool =    8<br>
Warning: card   &amp;IONS ignored<br>
Warning: card      POT_EXTRAPOLATION = &quot;SECOND_ORDER&quot;, ignored<br>
Warning: card      WFC_EXTRAPOLATION = &quot;SECOND_ORDER&quot;, ignored<br>
Warning: card      ION_DYNAMICS=&#39;BFGS&#39; ignored<br>
Warning: card   / ignored<br>
<br>
     XC functional enforced from input :<br>
     Exchange-correlation      = VDW-DF (1449)<br>
     EXX-fraction              =        0.00<br>
     !!! Any further DFT definition will be discarded<br>
     !!! Please, verify this is what you really want !<br>
<br>
Warning: card   &amp;IONS ignored<br>
Warning: card      POT_EXTRAPOLATION = &quot;SECOND_ORDER&quot;, ignored<br>
Warning: card      WFC_EXTRAPOLATION = &quot;SECOND_ORDER&quot;, ignored<br>
Warning: card      ION_DYNAMICS=&#39;BFGS&#39; ignored<br>
Warning: card   / ignored<br>
<br>
     XC functional enforced from input :<br>
     Exchange-correlation      = VDW-DF (1449)<br>
     EXX-fraction              =        0.00<br>
     !!! Any further DFT definition will be discarded<br>
     !!! Please, verify this is what you really want !<br>
<br>
and this is the reported system error:<br>
<br>
&quot;kernel_table.f90&quot;, line 172: 1525-108 Error encountered while attempting to<br>
allocate a data object.  The program will stop.<br>
<br>
vdW calculations run of course without problems in standard pw.x jobs.<br>
A look at the above file has not provided any enlightenment (at least to<br>
me...)<br>
<br>
A minor question: why are the following printed in the standard output file?<br>
Warning: card   &amp;IONS ignored<br>
Warning: card      POT_EXTRAPOLATION = &quot;SECOND_ORDER&quot;, ignored<br>
Warning: card      WFC_EXTRAPOLATION = &quot;SECOND_ORDER&quot;, ignored<br>
Warning: card      ION_DYNAMICS=&#39;BFGS&#39; ignored<br>
Warning: card   / ignored<br>
I followed the run_example template in the QE/examples/example17 directory<br>
which contains the cards<br>
&amp;IONS<br>
  pot_extrapolation = &quot;second_order&quot;,<br>
  wfc_extrapolation = &quot;second_order&quot;,<br>
/<br>
<br>
A further minor question: where can I found any documentation to set up a smd<br>
calculation using cards like:<br>
BEGIN_PATH_INPUT<br>
&amp;PATH<br>
  string_method     = &#39;smd&#39;,<br>
  opt_scheme        = &quot;langevin&quot;,<br>
  temp_req          = 200.0<br>
/<br>
END_PATH_INPUT<br>
BEGIN_ENGINE_INPUT<br>
<br>
Any comment or suggestion?<br>
Thank you in advance<br>
Giuseppe<br>
<br>
This is the one which works fine:<br>
<br>
export FILE=&quot;test&quot;<br>
export INPFILE=$FILE-1.inp<br>
export OUTFILE=$FILE-1.out<br>
echo &quot; $FILE&quot;<br>
echo &quot; $INPFILE&quot;<br>
echo &quot; $OUTFILE&quot;<br>
<br>
cat &gt; $INPFILE &lt;&lt; EOF<br>
BEGIN<br>
BEGIN_PATH_INPUT<br>
&amp;PATH<br>
  restart_mode      = &#39;from_scratch&#39;,<br>
  string_method     = &#39;neb&#39;,<br>
  nstep_path        = 200,<br>
  ds                = 2.D0,<br>
  opt_scheme        = &quot;broyden&quot;,<br>
  num_of_images     = 9,<br>
  CI_scheme         = &quot;no-CI&quot;,<br>
  path_thr          = 0.1D0,<br>
/<br>
END_PATH_INPUT<br>
BEGIN_ENGINE_INPUT<br>
 &amp;CONTROL<br>
    prefix=&#39;$FILE&#39;,<br>
    pseudo_dir = &#39;$PSEUDO_DIR/&#39;,<br>
    outdir=&#39;$TMP_DIR/&#39;,<br>
 /<br>
 &amp;SYSTEM<br>
    ibrav=1, celldm(1)=20.0000<br>
    nat=18, ntyp=2,<br>
    ecutwfc = 25.0,<br>
    ecutrho = 200.0,<br>
    occupations=&#39;smearing&#39;, degauss=0.01,<br>
    nspin=1,<br>
 /<br>
 &amp;ELECTRONS<br>
    mixing_mode=&#39;plain&#39;<br>
    mixing_beta=0.2<br>
    conv_thr=1.0d-8<br>
    electron_maxstep=200<br>
 /<br>
 &amp;IONS<br>
    pot_extrapolation = &quot;second_order&quot;,<br>
    wfc_extrapolation = &quot;second_order&quot;,<br>
    ion_dynamics=&#39;bfgs&#39;<br>
 /<br>
ATOMIC_SPECIES<br>
C    12.011     C_pbe.van.UPF<br>
H     1.008     H_pbe.van.UPF<br>
BEGIN_POSITIONS<br>
FIRST_IMAGE<br>
ATOMIC_POSITIONS {angstrom}<br>
C        6.098316160   3.760656270   4.654408584<br>
C        5.535560000   5.029242896   4.000000000<br>
C        5.535560000   2.491939382   4.000000000<br>
C        4.000840929   5.027202726   4.000000000<br>
C        4.000950457   2.493714962   4.000000000<br>
C        3.441730882   3.760373055   3.339304890<br>
H        5.825930677   3.760664232   5.733651283<br>
H        7.207790908   3.760649901   4.611224167<br>
H        5.898266497   5.087596300   2.948897106<br>
H        5.921942861   5.933612152   4.514551016<br>
H        5.898578752   2.433310631   2.949074312<br>
H        5.922060506   1.587859796   4.515020902<br>
H        3.637454955   2.444160918   5.051149794<br>
H        3.611787526   1.587642834   3.490637392<br>
H        3.637077165   5.076985202   5.050984568<br>
H        3.611543166   5.933006456   3.490221051<br>
H        2.332375720   3.760276416   3.383439061<br>
H        3.714361008   3.760355870   2.259592492<br>
LAST_IMAGE<br>
ATOMIC_POSITIONS {angstrom}<br>
C        6.121592696   3.760535885   4.641499347<br>
C        5.535560000   5.025712602   4.000000000<br>
C        5.535560000   2.495388270   4.000000000<br>
C        3.977918610   5.023959085   4.000000000<br>
C        3.977930112   2.497154140   4.000000000<br>
C        3.393609861   3.760551962   4.644872629<br>
H        5.913189538   3.760513868   5.732562614<br>
H        7.227121303   3.760507977   4.543954834<br>
H        5.908541836   5.092099491   2.955785191<br>
H        5.923102018   5.926437334   4.518072829<br>
H        5.908479393   2.429064594   2.955753950<br>
H        5.923126757   1.594603868   4.517936370<br>
H        3.590403695   1.596442101   4.516411429<br>
H        3.603091688   2.435078428   2.956089377<br>
H        3.590454294   5.924681359   4.516455545<br>
H        3.603071258   5.086031218   2.956078488<br>
H        3.602033618   3.760529459   5.735973241<br>
H        2.288228742   3.760541827   4.546696293<br>
END_POSITIONS<br>
K_POINTS {gamma}<br>
END_ENGINE_INPUT<br>
END<br>
EOF<br>
$PARA_PREFIX $ESPRESSO/neb.x -inp $INPFILE &gt;&gt; $OUTFILE<br>
<br>
if I only add input_dft=&#39;vdW-DF&#39; in the &amp;SYSTEM list it does not work anymore.<br>
<br>
--<br>
********************************************************<br>
- Article premier - Les hommes naissent et demeurent<br>
libres et ègaux en droits. Les distinctions sociales<br>
ne peuvent être fondèes que sur l&#39;utilitè commune<br>
- Article 2 - Le but de toute association politique<br>
est la conservation des droits naturels et<br>
imprescriptibles de l&#39;homme. Ces droits sont la libertè,<br>
la propriètè, la sùretè et la rèsistance à l&#39;oppression.<br>
********************************************************<br>
<br>
   Giuseppe Mattioli                            <br>
   CNR - ISTITUTO DI STRUTTURA DELLA MATERIA  <br>
   v. Salaria Km 29,300 - C.P. 10                <br>
   I 00015 - Monterotondo Stazione (RM)          <br>
   Tel + 39 06 90672836 - Fax +39 06 90672316    <br>
   E-mail: &lt;<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it" target="_blank">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>&gt;<br>
_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" target="_blank">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
</blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br>