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<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>
Thanks very much for your suggestions again. I did not know I can use K_POINTS {gamma} &nbsp;(only one point) in the relaxation process as I used K_POINTS {automatic} 7 7 1 in my relaxation process.<div><br></div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Elie<br><br><div>&gt; Date: Thu, 8 Sep 2011 11:12:24 -0400<br>&gt; From: xijunw@gmail.com<br>&gt; To: pw_forum@pwscf.org<br>&gt; Subject: Re: [Pw_forum] problems with vc-relax<br>&gt; <br>&gt; On Thu, Sep 8, 2011 at 10:26 AM, Elie Moujaes<br>&gt; &lt;elie.moujaes@hotmail.co.uk&gt; wrote:<br>&gt; &gt; Hello Xijun,<br>&gt; <br>&gt; Hello Elie,<br>&gt; <br>&gt; &gt; I did not send the e-mail twice intentionally. There was a problem with my<br>&gt; &gt; e-mail and it kept giving me an error about problems with Windows hotmai<br>&gt; &gt; hence why it was sent twice without me knowing except now when I opened my<br>&gt; &gt; e-mail so I apologize for that. Also I wont include blank lines in the input<br>&gt; &gt; file either. &nbsp;Back to my calculations, I have restarted the calculations, it<br>&gt; &gt; went fine at first but then I got the error:<br>&gt; &gt; from scale_h: not enough memory allocated for radial FFT; try restarting<br>&gt; &gt; with a larger cell_factor.<br>&gt; <br>&gt; Check the manual for definition of cell_factor. The default value is<br>&gt; 1.2, you could try a larger value.<br>&gt; <br>&gt; What's your new K_POINTS setting? Since you are relax the system, I<br>&gt; suggest you start from:<br>&gt; <br>&gt;      K_POINTS {gamma}<br>&gt; <br>&gt; This will far faster. and need far less memory.<br>&gt; <br>&gt; &gt; Another simple question: I realized when I restarted everything that the<br>&gt; &gt; positions of the atoms were the initial ones even before starting the<br>&gt; &gt; relaxation process where as the k-points used were the NEW ones. Is that<br>&gt; &gt; normal? or should I have substituted the the C atoms positions by the most<br>&gt; &gt; recent ones then restart again?<br>&gt; <br>&gt; Yes, restart again with NEW ATOMIC_POSITIONS and "restart_mode= 'from_scratch' "<br>&gt; <br>&gt; Regards,<br>&gt;  - Xijun<br>&gt; <br>&gt; &gt; Regards<br>&gt; &gt; Elie<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; Date: Wed, 7 Sep 2011 16:20:49 -0400<br>&gt; &gt;&gt; From: xijunw@gmail.com<br>&gt; &gt;&gt; To: pw_forum@pwscf.org<br>&gt; &gt;&gt; Subject: Re: [Pw_forum] problems with vc-relax<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; Hi, Elie,<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; Please do not repeat sending the same message to the mail list. Also,<br>&gt; &gt;&gt; people will be more happy to help you if you keep your mail neat by<br>&gt; &gt;&gt; removing all the unnecessary blank lines in the input file.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; Regards,<br>&gt; &gt;&gt; Xijun<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; On Wed, Sep 7, 2011 at 3:28 PM, Elie Moujaes &lt;elie.moujaes@hotmail.co.uk&gt;<br>&gt; &gt;&gt; wrote:<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Dear all,<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; I am relaxing a 60 atom supercell (graphene grain boundary) to make the<br>&gt; &gt;&gt; &gt; total force on atoms mainly 0.001 Ry/au. However the vc-relax stopped<br>&gt; &gt;&gt; &gt; after<br>&gt; &gt;&gt; &gt; 4 days of execution and without reaching the desired force threshold.<br>&gt; &gt;&gt; &gt; The<br>&gt; &gt;&gt; &gt; following output was obtained :<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; 1st relaxation process:<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Total force 0.091 &nbsp; Pressure =- 114.1 kbar<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; 2nd relaxation process:<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; total force 0.1 &nbsp; Pressure = -55 kbar<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; (new enthalpy &lt; old enthalpy)<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; 3rd process:<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; total force = 0.058 &nbsp; pressure = -11 kbar<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Then in the 4th process, calculations stopped. Here are the last few<br>&gt; &gt;&gt; &gt; lines<br>&gt; &gt;&gt; &gt; of the output:<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; iteration #&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ecut=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;36.75 Ry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;beta=0.30<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Davidson diagonalization with overlap<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c_bands:&nbsp;&nbsp;5 eigenvalues not converged<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c_bands:&nbsp;&nbsp;1 eigenvalues not converged<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c_bands:&nbsp;&nbsp;3 eigenvalues not converged<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c_bands:&nbsp;&nbsp;1 eigenvalues not converged<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c_bands:&nbsp;&nbsp;4 eigenvalues not converged<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c_bands:&nbsp;&nbsp;4 eigenvalues not converged<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c_bands:&nbsp;&nbsp;4 eigenvalues not converged<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c_bands:&nbsp;&nbsp;4 eigenvalues not converged<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c_bands:&nbsp;&nbsp;5 eigenvalues not converged<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c_bands:&nbsp;&nbsp;5 eigenvalues not converged<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c_bands:&nbsp;&nbsp;2 eigenvalues not converged<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c_bands:&nbsp;&nbsp;2 eigenvalues not converged<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ethr =&nbsp;&nbsp;2.90E-04,&nbsp;&nbsp;avg # of iterations = 17.6<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;negative rho (up, down):&nbsp;&nbsp;0.132E-01 0.000E+00<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;total cpu time spent up to now is 382283.13 secs<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;total energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-676.77947904 Ry<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Harris-Foulkes estimate&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-676.82846513 Ry<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;estimated scf accuracy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&lt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.17363554 Ry<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;iteration #&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ecut=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;36.75 Ry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;beta=0.30<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Davidson diagonalization with overlap<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c_bands:&nbsp;&nbsp;1 eigenvalues not converged<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c_bands:&nbsp;&nbsp;1 eigenvalues not converged<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c_bands:&nbsp;&nbsp;2 eigenvalues not converged<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c_bands:&nbsp;&nbsp;3 eigenvalues not converged<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; The input of the vc-relax is:<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &amp;control<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;prefix='GBphonon',<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;calculation='vc-relax',<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;restart_mode='from_scratch',<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;tstress=.true.,<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;tprnfor=.true,<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;pseudo_dir =<br>&gt; &gt;&gt; &gt; '/exp/home/caiapo/emoujaes/espresso/espresso-4.3/Pseudo/',<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;outdir='/exp/home/caiapo/emoujaes/espresso/Moujaes-Results/',<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;/<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&amp;system<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ibrav= 0, celldm(1) =1.889725989, nat=60, ntyp= 1, ecutwfc<br>&gt; &gt;&gt; &gt; =36.749309,<br>&gt; &gt;&gt; &gt; occupations='smearing', smearing='mp',degauss=0.01<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; /<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&amp;electrons<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;conv_thr=1.D-6,<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mixing_beta=0.3D0,<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;diago_david_ndim=2,<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;/<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &amp;ions<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;ion_dynamics='bfgs'<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; /<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; $cell<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; cell_dynamics='bfgs',<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; /<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; CELL_PARAMETERS (alat)<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;24.064488464&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000772242&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000000000<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.503051170&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000000000<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;8.470514812<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; ATOMIC_SPECIES<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp;C&nbsp;&nbsp;12.0107&nbsp;&nbsp;C.blyp-mt.UPF<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; ATOMIC_POSITIONS (angstrom)<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-11.330758616&nbsp;&nbsp;-3.527803203&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000000000<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-10.659793092&nbsp;&nbsp;-1.160339161&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000000000<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-12.039843315&nbsp;&nbsp;-7.112619698&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000000000<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-12.041158182&nbsp;&nbsp;-5.732701936&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000000000<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-10.941089654&nbsp;&nbsp;-4.881442842&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000000000<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; ......<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Please can anyone advice me on this? Shall I start with the new<br>&gt; &gt;&gt; &gt; configuration and start relaxing again?<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Regards<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Elie Moujaes<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; University of Nott<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; University Park<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; NGT 3RD<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Pw_forum mailing list<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Pw_forum@pwscf.org<br>&gt; &gt;&gt; &gt; http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; --<br>&gt; &gt;&gt; Dept. of Chem and Biochem, Concordia University<br>&gt; &gt;&gt; 7141 Sherbrooke Ouest, Montreal, QC, Canada (H4B 1R6)<br>&gt; &gt;&gt; Tel: 514-848-2424-#5835 (Lab) TA office: SP175.23<br>&gt; &gt;&gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt;&gt; Pw_forum mailing list<br>&gt; &gt;&gt; Pw_forum@pwscf.org<br>&gt; &gt;&gt; http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; Pw_forum mailing list<br>&gt; &gt; Pw_forum@pwscf.org<br>&gt; &gt; http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; Dept. of Chem and Biochem, Concordia University<br>&gt; 7141 Sherbrooke Ouest, Montreal, QC, Canada (H4B 1R6)<br>&gt; Tel: 514-848-2424-#5835 (Lab) TA office: SP175.23<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; Pw_forum mailing list<br>&gt; Pw_forum@pwscf.org<br>&gt; http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum<br></div></div>                                               </div></body>
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