Dear Y.P. Wang,<br><br>The Wannier code as it stands right now is capable<br>of computing &quot;bulk&quot; Quantum Conductance automatically.<br>&quot;bulk&quot; means that your system must be periodic (like a pristine<br>
carbon nanotube or a pristine nanowire for example).<br>As for a &quot;Lead Conductor Lead&quot; calculation (denoted &#39;lcr&#39; in<br>the Wannier input file) you need to give 5 matrices to the code<br>in order to compute the Quantum Conductance. The five matrices<br>
are :<br><br>&nbsp; H_L&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; that you should call &lt;seedname&gt;_htL.dat, where seedname<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; is the same as your master &lt;seedname&gt;.win file.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This matrix should correspond to the left semi-infinte lead.<br>
<br>&nbsp; H_LC&nbsp; you should call it &lt;seedname&gt;_htLC.dat.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This matrix should correspond to the Left Lead - Conductor<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; coupling matrix.<br><br>&nbsp; H_C&nbsp;&nbsp;&nbsp; you should call it &lt;seedname&gt;_htC.dat.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This is the matrix corresponding to the Conductor region or<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &quot;central part&quot; of your system (which probably contains the<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; defect)<br><br>&nbsp; H_CR you should call it &lt;seedname&gt;_htCR.dat.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This matrix corresponds to the Conductor - Right Lead coupling<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; matrix<br><br>&nbsp; H_R&nbsp;&nbsp; you should call it &lt;seedname&gt;_htR.dat.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This corresponds to the Right Lead matrix.<br><br>
You should look at the Wannier user guide to find the format of those files.<br>Those are basically Hamiltonian matrices expressed in the Wannier basis of<br>the corresponding piece of your system (Left Lead, Conductor, Right Lead).<br>
<br>Also you should know that the next release of the Wannier90 code should<br>have this &#39;lcr&#39; type of calculations <b>completely automated</b> such that the <br>code will directly compute the Quantum Conductance automatically. So you<br>
will not have to do anything, just like in the &#39;bulk&#39; case!<br><br>Cheers,<br><br>Nicolas Poilvert<br><br><br>-- <br>POILVERT Nicolas<br>PhD candidate,<br>Dpt of Materials Science and Engineering<br>Massachusetts Institute of Technology<br>
77, massachusetts avenue<br>Cambridge, MA 02139<br>USA<br>work: (617) 452-4212<br><a href="mailto:nicolas.poilvert@gmail.com">nicolas.poilvert@gmail.com</a><br>