
<html><head><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1"><style>body { line-height: 1.5; }blockquote { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.5em; }div.foxdiv20151027160350345005 { }body { font-family: 'Segoe UI'; color: rgb(0, 0, 0); line-height: 1.5; }</style></head><body>

    

  

<div><span></span><div style="font-size: 14px; line-height: 21px;">Dear Matic,&nbsp;</div><div style="font-size: 14px; line-height: 21px;"><br></div><div style="font-size: 14px; line-height: 21px;">Thanks for your patient explanation!</div><div style="font-size: 14px; line-height: 21px;">There are only two very small negative values in the final coordinates. My crystal is a kind of amino acid. &nbsp;In one unit cell, there are two molecules.&nbsp;<span style="line-height: 1.5;">In my input file, there is no negative values in atomic coordinates, but the boundary still can&nbsp;</span><span style="background-color: window; line-height: 1.5;">apparently</span><span style="line-height: 1.5;">&nbsp;break the chemical bonds.</span></div><div style="font-size: 14px; line-height: 21px;"><br></div><div style="font-size: 14px; line-height: 21px;">Input:</div><div style="font-size: 14px; line-height: 21px;"><span segoe="" ui'";="" font-size:="" 16px;="" color:="" rgb(0,="" 0,="" 0);="" background-color:="" rgba(0,="" font-weight:="" normal;="" font-style:="" normal;text-decoration:="" none;'="" style="font-family: '';">&amp;CONTROL<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;title&nbsp;=&nbsp;'2015971-Asparticacid'<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;calculation&nbsp;=&nbsp;'vc-relax'<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;restart_mode&nbsp;=&nbsp;'from_scratch'<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;outdir&nbsp;=&nbsp;'/home/yinli/aspartic_acid/vc-relax/test1'&nbsp;,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;wfcdir&nbsp;=&nbsp;'/home/yinli/aspartic_acid/vc-relax/test1'&nbsp;,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;pseudo_dir&nbsp;=&nbsp;'/home/yinli/espresso-5.1.1/pseudo/'&nbsp;,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;prefix&nbsp;=&nbsp;'2015971-Asparticacid'<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;etot_conv_thr&nbsp;=&nbsp;5.0d-7&nbsp;,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;forc_conv_thr&nbsp;=&nbsp;5.0d-4&nbsp;,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;nstep&nbsp;=&nbsp;1500<br>&nbsp;/<br>&nbsp;&amp;SYSTEM<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ibrav&nbsp;=&nbsp;-12<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;celldm(1)&nbsp;=&nbsp;&nbsp;&nbsp;9.663114537963445<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;celldm(2)&nbsp;=&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.350523125061113,&nbsp;celldm(3)&nbsp;=&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.484795150092891<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;celldm(5)&nbsp;=&nbsp;&nbsp;-0.185014881113262<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;nat&nbsp;=&nbsp;32<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ntyp&nbsp;=&nbsp;4<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ecutwfc&nbsp;=&nbsp;60<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ecutrho&nbsp;=&nbsp;600<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;occupations&nbsp;=&nbsp;'fixed'<br>&nbsp;/<br>&nbsp;&amp;ELECTRONS<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;electron_maxstep&nbsp;=&nbsp;200<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;conv_thr&nbsp;=&nbsp;1.0D-10<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;diago_thr_init&nbsp;=&nbsp;1e-4<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;startingpot&nbsp;=&nbsp;'atomic'<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;startingwfc&nbsp;=&nbsp;'atomic'<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mixing_mode&nbsp;=&nbsp;'plain'<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mixing_beta&nbsp;=&nbsp;0.5<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mixing_ndim&nbsp;=&nbsp;8<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;diagonalization&nbsp;=&nbsp;'david'<br>&nbsp;/<br>&amp;IONS<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ion_dynamics&nbsp;=&nbsp;'bfgs'<br>&nbsp;/<br>&amp;CELL<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;cell_dynamics&nbsp;=&nbsp;'bfgs'<br>&nbsp;/<br>ATOMIC_SPECIES<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.00794&nbsp;&nbsp;H.blyp-van_ak.UPF&nbsp;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;12.01070&nbsp;&nbsp;C.blyp-van_ak.UPF&nbsp;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;N&nbsp;&nbsp;&nbsp;14.00670&nbsp;&nbsp;N.blyp-van_ak.UPF&nbsp;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;15.99940&nbsp;&nbsp;O.blyp-van_ak.UPF&nbsp;<br><br>ATOMIC_POSITIONS&nbsp;crystal<br>&nbsp;N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.858300000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.978000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.316200000000000<br>&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.029000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.914000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.388000000000000<br>&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.810000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.100000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.389000000000000<br>&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.900000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.022000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.188000000000000<br>&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.634800000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.836000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.295200000000000<br>&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.560500000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.796000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.478600000000000<br>&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.715600000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.644000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.219800000000000<br>&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.793000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.659000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.037800000000000<br>&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.749700000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.784000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.609500000000000<br>&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.318400000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.771000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.481700000000000<br>&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.002000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.593000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.008500000000000<br>&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.612500000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.744000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.916100000000000<br>&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.468000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.898000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.207000000000000<br>&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.881000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.578000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.313000000000000<br>&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.541000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.556000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.207000000000000<br>&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.679000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.750000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.797000000000000<br>&nbsp;N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.141700000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.478000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.683800000000000<br>&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.971000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.414000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.612000000000000<br>&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.190000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.600000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.611000000000000<br>&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.100000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.522000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.812000000000000<br>&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.365200000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.336000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.704800000000000<br>&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.439500000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.296000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.521400000000000<br>&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.284400000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.144000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.780200000000000<br>&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.207000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.159000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.962200000000000<br>&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.250300000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.284000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.390500000000000<br>&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.681600000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.271000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.518300000000000<br>&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.998000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.093000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.991500000000000<br>&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.387500000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.244000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.083900000000000<br>&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.532000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.398000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.793000000000000<br>&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.119000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.078000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.687000000000000<br>&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.459000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.056000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.793000000000000<br>&nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.321000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.250000000000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.203000000000000<br><br>K_POINTS&nbsp;automatic<br>3&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;0&nbsp;0<br></span></div></div>

<div><br></div><hr style="width: 210px; height: 1px;" color="#b5c4df" size="1" align="left">

<div><span><div style="margin: 10px; font-family: verdana; font-size: 15px;"><span style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgba(0, 0, 0, 0);">Dr.&nbsp;Yin&nbsp;Li&nbsp;<br>Department&nbsp;of&nbsp;Biophysics,Medical&nbsp;School,&nbsp;University&nbsp;of&nbsp;Pecs,<br>No.12&nbsp;Szigeti&nbsp;Street,&nbsp;Pecs,&nbsp;H-7624,&nbsp;HUNGARY<br>Phone:&nbsp;+36-72-535271/36271</span></div></span></div>

<blockquote style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.5em;"><div><div class="FoxDiv20151027160350345005"><blockquote cite="mid:2015102714473692451475@gmail.com" type="cite" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.5em;"><blockquote style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.5em;"><div><br></div></blockquote></blockquote>

  

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